Генетики продолжают прояснять детали денисовской Санта-Барбары. Хотя число находок денисовских костей по-прежнему невелико, их генетический след протянулся с Алтая в Юго-Восточную Азию, на острова Океании, в Австралию и даже в Новый Свет; выяснилось, что в контакт с современными людьми вступали разные «денисовоподобные» популяции, отличавшиеся друг от друга и от эталонных алтайских денисовцев.
Считалось, что обладатели самой большой денисовской примеси — жители Папуа — Новой Гвинеи (в среднем 2,9%). Теперь пальму первенства перехватывают аэта Филиппин. Эти племена — их относят к негрито — живут на Лусоне и некоторых других островах Филиппин. Они невысокого роста, темнокожи, относятся к австрало-меланезийской расе и считаются потомками древнейших сапиенсов, заселивших Сунду около 50 тыс. лет назад (Сунда — это полуостров Малакка и острова, которые в последний ледниковый период были частью Азии), а затем мигрировавших на Филиппины. Разумеется, на эту первую волну мигрантов наложились более поздние потоки переселенцев с материка, сделавших свой вклад в генофонд аэта.
Авторы новой статьи, опубликованной в Current Biology, проанализировали геномы 1107 человек из 118 различных этнических групп Филиппин, включая 25 популяций негрито.
Исследование показало, что негритосы родственны папуасам, но в их генофонде имеется значительная примесь жителей Восточной Азии — по-видимому, относительно недавних мигрантов из Южного Китая (интрогрессия произошла примерно 2300 лет назад). Впрочем, у разных племён процент восточноазиатских генов различается, меньше всего — 10—30% — у аэта магбукон и амбала из Центрального Лусона.
Затем исследователи стали оценивать вклад в генофонд негрито архаичных гоминин. Оказалось, что неандертальская примесь у аборигенов Филиппин такая же, как у всех неафриканцев, а вот денисовская выше, чем у австралийцев и папуасов. Особенно велик процент денисовской ДНК у аэта магбукон — в среднем на 24% больше, чем у папуасов (52 мегабазы по сравнению с 42).
И это несмотря на наличие у аэта примеси восточных азиатов, которая должна была разбавить архаическую ДНК. Если же делать на это поправку, у «несмешанных» предков современных аэта денисовская доля должна быть на 46% выше, чем у папуасов.
Чтобы проверить полученный результат, исследователи секвенировали с высоким качеством (покрытие 37х) геномы пяти представителей магбукон. Их анализ подтвердил, что аэта обладают самой высокой денисовской примесью в мире. Кроме того, денисовские последовательности в ДНК магбукон лишь умеренно похожи на эталонный геном денисовца с Алтая (совпадение около 50%) — как и у жителей Папуа. Это означает, что негрито Лусона, как и папуасы, смешивались с какими-то местными популяциями гоминин, лишь отдаленно родственными денисовцам.
С чем связан высокий уровень архаичной примеси у аэта? Быть может, смешение происходило недавно? Однако в этом случае денисовские фрагменты в ДНК аэта были бы длиннее, чем у папуасов. В реальности это не так, судя по длине архаичных последовательностей, папуасы и негрито встречались с денисовцами примерно в одно и то же время. Значит, больший размер денисовской ДНК у аэта говорит о том, что имело место несколько разных смешений. Моделирование, проведённое исследователями, подтвердило, что после разделения линий предков папуасов и негрито и те, и другие по отдельности смешивались с разными популяциями денисовцев где-то на просторах островов Юго-Восточной Азии и Океании.
Где же тогда на этих островах останки денисовцев? Исследователи сетуют на то, что до сих пор о том, как могли выглядеть эти древние люди, известно очень мало. Авторы публикации не могут не вспомнить недавно описанный вид Homo luzonensis — странных пигмеев с острова Лусон, известных по находкам в пещере Калао возрастом 67 тыс. лет. Не островные ли это денисовцы? Правда, характерная денисовская черта — огромные зубищи. У лузоненсисов же зубы крошечные, моляры меньше даже, чем у хоббитов с Флореса. Но что не сотворит эволюция на острове за сотни тысяч лет! Авторы даже допускают, что и флоресские хоббиты тоже могли быть денисовской роднёй, что кажется совсем уж фантастикой. Впрочем, для проверки таких гипотез требуется геном (маловероятно) или хотя бы протеом хоббитов Флореса и Лусона.
В связи с этим крайне интересно другое исследование, результаты которого опубликованы в Nature — анализ генома древнего человека с Сулавеси. Скелет, прозванный Бессе, найден в 2015 году при раскопках в местечке Леанг Паннинге на юге Сулавеси. Возраст погребения — 7200—7300 лет, его относят к тоали — культуре охотников-собирателей, потомков первых мигрантов, прибывших на Сулавеси более 40 тыс. лет назад. Судя по всему, скелет принадлежал девушке 17—18 лет. Очень здорово, что из костей удалось извлечь ДНК, потому что древних геномов из этого региона известно очень немного — их всего два, Пха Фаен из Лаоса (около 8 тыс. лет) и Гуа Ча из Малайзии (4,3 тыс. лет). Тропический климат не способствует сохранности нуклеотидных цепочек.
Исследователи получили часть ядерной и почти всю митохондриальную ДНК из височной кости Бессе. Подтвердили женский пол. Что касается родословной Бессе, девушка оказалась промежуточной между австралийцами, онге — коренными жителями Андаманских островов, и древними жителями Азии. Линия Бессе обособилась примерно в то же время, когда разделились предки папуасов и жителей Австралии. Среди современных людей прямых потомков женщины из Леанг Паннинге найти не удалось, нынешние островитяне ей не родня.
А ещё у неё обнаружилась высокая денисовская примесь, 2,2% — это чуть меньше, чем у папуасов (у них 2,9%), но гораздо выше, чем у современных сулавесцев и жителей Зондских островов, у голоценовых Пха Фаен и Гуа Ча и у гораздо более древнего китайца из пещеры Тяньюань (40 тыс. лет).
Всё это значит, что предки Бессе и других людей, заселявших острова Юго-Восточной Азии, двигались разными маршрутами, а смешение с денисовцами могло происходить близко к Сулавеси или даже прямо на острове — ведь тут явно жил кто-то архаичный, что подтверждается находками орудий возрастом более 100 тыс. лет на юго-западе острова.
Почему же доля денисовской ДНК у Бессе меньше, чем у папуасов? По-видимому, в результате более позднего смешения с кем-то, у кого в роду денисовцев не было.
Терпеливо ждём геномов/протеомов из костей других древних людей Индонезии, Филиппин, Австралии…
